13 марта 1942 г. последняя партия студентов и профессорско-преподавательского состава эвакуировалась из Ленинграда.

Пункт назначения, как и всех вузов Ленинграда, был Северный Кавказ, а именно г. Кисловодск.

 По прибытии в г. Кисловодск преподаватели были размещены по частным квартирам, а студенты направлены на работу в район.

В первых числах августа, в связи с наступлением немецкой армии на Северный Кавказ, сотрудники института были срочно эвакуированы вместе с одним из совхозов. Уходили пешком, имея в распоряжении только две подводы, на которых можно было увезти небольшую часть вещей. Эвакуация совершалась пешком в очень трудных условиях до станицы Прохладной. Здесь руководству группы удалось добиться мест в товарном эшелоне на открытой платформе. Так ехали до Махачкалы, а затем до Баку. В Баку больше недели ожидали на пристани отправки до новой станции назначения – Пржевальска. При переходе через Каспийское море попали в сильный шторм, который задержал прибытие судна в Красноводск.

Из Красноводска прибыли в г. Фрунзе. Весь путь от Кисловодска до Фрунзе занял 40 суток.

Во Фрунзе, до выяснения окончательного местопребывания института, сотрудники были размещены на базе Киргизского СХИ, где пробыли в течение месяца.

В Пржевальск институт прибыл в конце сентября и начал организовывать свою работу.

Были собраны студенты для занятий на 2 курсе (7 человек студентов/медиков) и организован прием на 1 курс. Были организованы занятия и на выпускном курсе из студентов, которые были эвакуированы и собраны в Пржевальске. Здесь же и состоялся их выпуск.

Занятия проводились на базе сельхозтехникума в вечерние часы, когда учащиеся техникума заканчивали свою работу.

Среди преподавателей были В.В. Кузьмин, Сироткин, Б.Н. Федотов, Д.И. Гуревич, Монетчикова. Из Фрунзе приезжали читать лекции Н.Ф. Богданов и А.Н. Чередкова. Позже приехали Юстов, Кожар, Растегаева А.М. Оказывали помощь в проведении занятий сотрудники Киргизского педагогического института и специалисты других вузов, находящиеся в эвакуации в г. Пржевальске. После освобождения Северного Кавказа в Пржевальск прибыли студенты, которые не успели эвакуироваться. В августе-сентябре 1944 г. началась реэвакуация института. Сначала был эвакуирован 1 курс, а в 1945 г. все остальные курсы.

В 1944 г. в Ленинграде занимались 2 курса: 4-й и 5-й; 5-й – в начале 1945 г. был выпущен.