В начале сентября 1941 года в институте начались учебные занятия со студентами. В это время усилились воздушные налеты. На крышах зданий института были организованы дежурные посты силами студентов и сотрудников института, круглосуточно. Большое количество зажигательных бомб было обезврежено и здания спасены от пожара. В августе месяце была сброшена большая фугасная бомба рядом с кафедрой терапии крупных животных. В результате было убито 18 лошадей дивизионного лазарета и завхоз. Здание кафедры тоже было повреждено. Артиллерийский снаряд разорвался около угла клиники общей и частной хирургии. Рядом со снарядом оказался профессор Конгэ В.В.. Его всего обсыпало землей, но не ранило, а осколками убило молодую уборщицу, находившуюся в двадцати метрах от места взрыва снаряда. Авиабомбой была разрушена часть зданий нормальной анатомии и кочегарка. Бомбой также была разрушена частично кафедра акушерства.
Все ценное имущество кафедр было упаковано в ящики и отвезено в подвалы общежития по Московскому проспекту дом №8, а реактивы и химикаты сложены для хранения на кафедре неорганической химии. К счастью все это имущество удалось сохранить.
Немец захватил г. Лигово, подошел в плотную к больнице Фареля Нарвского района и к подножию Пулковской горы. Артобстрелы и налеты самолетов стали постоянными. Иногда в сутки объявляли по 26 тревог.
В один из артобстрелов на Московском проспекте около Обводного канала был убит крупный ученый института профессор Шохор Н.И..
В связи с большой опасностью для жизни при передвижении по городу, все студенты и коллектив института был переведен на казарменное положение. Это помогало спасать жизни людей и экономить их энергию, связанную с пешим передвижением.
В октябре месяце, в первых числах, занятия со студентами пришлось прекратить. Город лишился электроэнергии и подачи воды. Запаса топлива для населения не было. В институте топливо было. Наступил голод. По карточкам давали 125 г. хлеба-суррогата в день и то бывали перебои. Зима наступила очень рано и была страшно морозная. Начался массовый мор людей от города (дистрофия). Трупы людей валялись на улицах и в квартирах. Дворы были завалены и залиты нечистотами, кое-где и лестничные клетки домов. Воду носили из Невы и каналов, «кто от куда». Многие не мылись и не умывались. Появилась вшивость. Вшивость назвалась «педикулез». К счастью для коллектива института голодная смерть обошла нас стороной. У нас были большие запасы фуража: отруби и жмых. Военные лазареты по началу давали мясо неизлечимо покалеченных лошадей. В институт, для «усыпления», население приносило кошек и собак. Этих животных конечно не травили, а съедали в институте. Некоторые студенты шили из шкурок кошек жилеты и куртки. Учебные препараты кафедры акушерства – половые органы кобыл, коров – и других кафедр, что в какой-то степени было съедобно, все было съедено. Мною было выписано из утильзавода пять конских трупов по просьбе студентов, также 15 собак-овчарок, они все равно подохли бы с голоду.
В нашем институте умерла только одна студентка, она страдала и до войны хроническим недугом. В июне 1942 года умер от дистрофии профессор Конге В.В. Он был преклонного возраста. К счастью, студенты и коллектив института сохранился.
13 марта 1942 года студентов, профессоров, преподавателей и обслуживающий персонал по распоряжению правительства эвакуировали в район Кисловодска, а оттуда, спасаясь от немцев, эвакуировались в город Пржевальск, где и занимались нормальной учебой.
Институт возвратился в Ленинград под конец лета 1944 года. Активно, под руководством директора профессора Шакалова, занялись восстановлением института своими силами и учебой.
После эвакуации института, 13 марта 1942 г., при институте остались профессор Шакалов (директор Ленинградского филиала ЛВИ), доцент Евдокимов В.Д., доцент Алексеев П.А., ассистент Шаповалова А.И., секретарь учебной части Мендюк Е.С., управделами Соколова А.Ф., лаборант Иванов П.И.